Für Jmol gibt es sehr gute Anleitungen im Netz, weshalb wir Ihnen die betreffenden Links präsentieren.

Im Downloadbereich finden sie folgende Anleitungen
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VRML
Diese Anleitung beschäftigt sich mir der Erstellung von 3D-Molekülen im VRML-Format. VRML ist kein chemiespezifisches Format, jedoch besticht es durch eine sehr gute Darstellung. Die Anleitung zur Erstellung von VRML-Molekülen ist etwas umfangreicher geworden. Dafür wird Ihnen Schritt für Schritt beschrieben, wie Sie von einer Summenformel zum fertigen 3D-Molekül kommen und diese 3D-Moleküle in ein HTML-Arbeitsblatt, in ein Worddokument (auch OpenOffice), in Ihre Powerpointpräsentation (auch OpenOffice) oder ein PDF-Dokument einfügen können.