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Moleküldatenbank

Die Moleküldatenbank stellt Ihnen 3D-Moleküle zur Verfügung, so dass Sie diese nicht selbst herstellen müssen.

Wir haben die Erfahrung gemacht, dass es zwar eine große Anzahl an Datenbanken gibt, diese jedoch oft sehr unübersichtlich und natürlich nicht auf die Schule ausgerichtet sind. Die Didaktik der Chemie stellt eine Auswahl von schulrelevanten Molekülen zur Verfügung.

Die einzelnen Moleküle werden in verschiedenen Formaten angeboten, um für jeden Einsatzzweck das passende Format zu haben. Einen kurzen Überblick über die verschiedenen Formate erhalten Sie HIER.

Name	.pdb	.mol	.wrl	zip
Methan

Wenn Sie ein Molekül haben, welches noch nicht auf unserer Seite zu finden ist schicken Sie es uns unter und wir erweitern unser Angebot.

Anleitung

Jmol

Für Jmol gibt es sehr gute Anleitungen im Netz, weshalb wir Ihnen die betreffenden Links präsentieren.

VRML (Auch als PDF-im Downloadbereich verfügbar)
Diese Anleitung beschäftigt sich mir der Erstellung von 3D-Molekülen im VRML-Format. VRML ist kein chemiespezifisches Format, jedoch besticht es durch eine sehr gute Darstellung. Die Anleitung zur Erstellung von VRML-Molekülen ist etwas umfangreicher geworden. Dafür wird Ihnen Schritt für Schritt beschrieben, wie Sie von einer Summenformel zum fertigen 3D-Molekül kommen und diese 3D-Moleküle in ein HTML-Arbeitsblatt, in ein Worddokument (auch OpenOffice), in Ihre Powerpointpräsentation (auch OpenOffice) oder ein PDF-Dokument einfügen können.

Den VRML-Converter gibt es im Downloadbereich

VRML Converter
Er ermöglicht Ihnen die schnelle Konvertierung von VRML1-Daten in VRML2-Daten. Die Konvertierung erfolgt über eine graphische Oberfläche und ist sehr leicht bedienbar.

Jmol Information

Jmol

Beschreibung:
Jmol ist ein interaktiver 3D-Molekülbetrachter, mit dessen Hilfe chemische Strukturen dargestellt werden können. Jmol kann nahezu jedes chemische Format lesen und sowohl in Webseiten eingebunden, als auch als eigenständige Anwendung auf dem heimischen Rechner verwendet werden.

Bezugsquelle
http://jmol.sourceforge.net/
Auf dieser Seite finden Sie die aktuellste Jmol-Version, sowie Beispielwebseiten Anleitungen usw. (Englisch)

Hilfen
http://wiki.jmol.org
Unter diesem Link finden Sie alles rund um Jmol. Sowohl Beispielwebseiten, als auch Anleitungen, Hilfen, usw. (Englisch)

Da es für Jmol bereits sehr gute deutschsprachige Anleitungen zur Verwendung in Html-Seiten gibt haben wir auf eine gesonderte Anleitung verzichtet. Besonders Empfehlen möchten wir Ihnen die Seite von Dr. Annemarie Honegger (http://www.bioc.unizh.ch/nanowelt/Jmol/). Sie stellt eine umfassende deutschsprachige Webseite zur Verfügung, beginnend mit Installationshinweisen und der Bedienung auf dem eigenen Rechner, bis hin zum Einbau von Jmol in eine Webseite und dessen interaktive Bedienung.

Formate

Hier finden sie die bereits fertige Moleküle, die sie in verschiedensten Varianten nutzen können.
Ob in einer Html-Steine, ihrem Worddokument oder einer PDF-Datei

Kurzübersicht zu den angebotenen Formaten

PBD (*.pdb)

Das PDBFormat (Protein Data Bank) ist "DAS" Darstellungsformat für Makromoleküle, vorallem für Proteine. In der gleichnamigen Datenbank sind derzeit über 56.000 Proteine frei zugänglich (Stand 02/2009). Das PDB-Format besitzt jedoch einen Nachteil, es werden keine Doppelbindungen dargestellt.
Darstellung z.B. mit Jmol.

MDL Molfiles (*.mol)

Das MOL-Format wurde von der Firma MDL entwickelt. Für kleine Moleküle ist dieses Format deutlich besser geeignet, da Doppelbindungen angezeigt werden.
Darstellung z.B. mit Jmol.

VRML-File (*.wrl)

Das VRML-Format (Virtuall Reality Modeling Language) ist kein chemiespezifisches Programm. Mit diesem Format werden beeindruckende 3D-Welten im Internet dargestellt, oder 3D-Moleküle.
Darstellung z.B. mit dem VRML-Plugin BSContact

ZIP-Format (*.zip)

Das ZIP-Format (Zigzag Inline Package) ist weder ein chemiespezifisches, noch ein 3D-Format. Es ist ein Format zur Komprimierung von Dateien. Die Zip-Dateien in unserer Datenbank enthalten gleichzeitig alle anderen Formate, sodass Sie nicht jedes Format einzeln herunterladen müssen. Zum Entpacken der ZIP-Dateien benötigen Sie in der Regel ein spezielles Programm (z.B. Winzip), dass Sie kostenlos erhalten. Ab WindowsXP sind Programme, die das Entpacken beherrschen bereits enthalten.